鼻腔囊腫不一定引起頭痛，這是根據囊腫位置、大小，以及患者本身的狀況。有些較小囊腫，如在體檢或者在檢查時發現沒有癥狀，但是隨著時間延長，幾年或者十幾年，囊腫就會逐漸長大，長大以后壓迫旁邊的組織、器官。 篩竇囊腫會壓迫眼眶，引起眼睛突起，蝶竇囊腫會引起頭痛。如果囊腫突然長大，如有些囊腫感染變成膿囊腫，那么頭痛會更明顯，尤其是當飲食不當，吃辛辣、刺激性食物時，癥狀會更明顯。