服用孕酮片會導致月經紊亂，女性正常規律的月經周期依賴于規律排卵以及雌激素、孕激素分泌。正常的情況下，女性月經消失后即可出現卵泡生長發育，能夠分泌較多的雌激素，刺激子宮內膜生長、變厚。卵巢中的卵泡生長發育成熟后，優勢卵泡會破裂，卵子排出，形成卵巢黃體。卵巢黃體能夠分泌雌激素以及孕激素，后者可在孕酮的刺激下使增殖期的子宮內膜轉變為分泌期的子宮內膜。若在排卵后14天左右，精子與卵子未如期結合為受精卵著床，將會出現卵巢黃體自溶，雌、孕激素水平驟然下降，導致子宮內膜剝脫出血。月經周期里，子宮內膜的生長剝脫受到雌、孕激素水平調控。若自行服用孕激素，可能會導致月經紊亂。對于使用孕激素做為緊急避孕藥的女性，可能會導致不規則陰道出血等副作用，女性應在醫生指導之下規范使用孕激素。