對于既有腎囊腫又有結石的患者，在治療的時候需要考慮二者之間是否相關性，就是腎囊腫是否會影響結石排出。如果腎囊腫并沒有造成梗阻，對結石的排出沒有影響，可以把結石和腎囊腫看作兩類疾病單獨處理。如果腎囊腫的直徑在4cm以上，可以采用微創方式進行囊腫的抽吸或者囊腫去頂。對于結石而言，如果結石的直徑在6mm以下，可以采用自然排石的方法，囑患者多飲水、多排尿，同時可以配合排石的中藥，幫助結石排出。如果結石在0.6-2cm之間，可以采用體外沖擊波碎石的方法將結石粉碎，有利于結石的排出。如果結石的直徑在2cm以上，通常可以采用手術方式，比較常用的方式包括經皮腎鏡和輸尿管軟鏡碎石取石術。還有另一種情況，就是腎囊腫造成梗阻，這種情況下影響結石的排出，通常需要處理結石的時候同期處理腎囊腫。如果結石較大可以做雙管軟鏡。對于碎石而言，在腎盂內將囊腫進行切開，充分引流，這樣囊腫和結石可以同時處理。