手足口病疫苗一般要打2針，間隔28天之后打第2針，手足口病疫苗主要是針對腸道病毒EV71型研制。而腸道病毒EV71型引起的手足口病引起重型手足口病的幾率相對較高。對于其它病毒引起的手足口病，比如柯薩奇病毒、ECHO病毒，目前沒有防疫疫苗。所以注射手足口病疫苗之后，并不是100%不會感染手足口病，而是引起重型手足口病的幾率會明顯下降。2個月以上-3歲以下的兒童，感染EV71型腸道病毒而引起重型的手足口病的幾率相對較多，主要合并腦膜炎、心肌炎、肺炎。其并發癥會導致部分兒童預后較差，有一定的病死率。針對腸道病毒EV71型引起的重型手足口病有疫苗，所以建議3歲以下、半歲以上的兒童盡可能接種疫苗。一旦感染手足口病之后，可以減少發生重癥的幾率。