咬合肌的疼痛有可能會自愈，但是也有可能會逐漸加重，具體要根據患者在使用其牙齒以及咬合肌的使用情況而定。另外跟患者自愈的功能，也就是自體細胞恢復的功能有較大的關系。再者還與患者的咬合習慣、咀嚼飲食習慣有密切的聯系，因此能否自愈個體差異性很大。對于咬合肌如果出現疼痛，應引起高度的重視，建議患者還是應該盡早的干預。并且注意保護和休息口腔頜面部的肌肉，特別是咬肌，咬肌如果出現痙攣就有可能會出現疼痛。有些患者使用過度如長期咀嚼檳榔，就有可能會導致咀嚼肌的痙攣，從而出現相應的疼痛。再者對于有顳下關節紊亂綜合征的患者，也可能會引起周圍的咬合肌群出現紊亂，從而出現疼痛。如果其相應的顳下關節紊亂自愈，咬合肌疼痛也會得以相應的自愈。