骨結核的治療是一個系統工程，首先需要對于局部病灶進行處理。局部病灶徹底清創，恢復骨穩定性，減輕脊髓壓迫，清除關節膿液，采取藥物灌注。經過一個周期的治療，可以獲得比較良好的效果。但因為結核感染，本身存在很多的因素，現在結核耐藥性很強，治療周期與結核的發生和病人的抵抗力弱也有關。所以對于結核的治療，即使是骨結核，仍然需要堅持1年半以上的服藥治療。對于骨結核，需要局部的周期治療，手術之后，結合標準的1年半以上的四藥聯合全身化療，使結核菌獲得良好的控制。 不規則服藥，不完整的治療周期，不完整的藥物治療，都會造成結核菌耐藥。耐藥結核菌處理非常棘手，可能導致在手術局部，或身上其它部位再次發生結核菌感染。感染到后期可能面臨無藥可醫的局面。因為僅通過局部處理，不能很好地控制結核菌的全身播散，隨意的手術處理可能會加速結核菌在全身播散，嚴重者甚至可能會危及生命。