早上起來頭疼有多種原因，具體如下：一、原發性頭疼：如偏頭疼、叢集性頭疼、緊張性頭疼，均為良性特發性的頭疼，均可引起晨起頭疼。二、繼發性頭疼：1、繼發于全身系統性疾病，如發燒、血壓增高、代謝中毒性腦病，均會引起頭疼；2、繼發于顱內外器質性的疾病，如腦炎、腦膜炎、頭顱外傷、頭皮挫裂傷、硬膜下血腫、腦血管病、腦出血、蛛網膜下腔出血、靜脈竇血栓形成，或者頭面部五官的器質性損傷，如外耳道炎或牙周炎、牙髓發炎、鼻竇炎、青光眼均可引起晨起頭疼。