舌下腺囊腫治療就是采用手術摘除舌下腺的方法。如果囊腫不足夠大，可以在口內作切口，把囊腫摘除。由于舌下腺患者口底部病變，所以手術方法要根據囊腫范圍大小來定。手術過程是在舌下皺襞外側沿導管走行方向，由前向后作弧形切口，用彎止血鉗插入切口進行鈍性分離，使舌下腺和囊腫顯露出來。 當舌下腺顯露之后，逐漸分離組織使它游離，最終完整摘除舌下腺和囊腫。切除組織后用生理鹽水沖洗創口、止血，最后縫合口底黏膜切口，然后放置引流條。如果囊腫范圍比較大，甚至波及到其他部位，需要在患者頜下作切口將囊腫進行摘除。