革蘭氏陰性菌跟革蘭氏陽性菌區別，在于細菌細胞壁不同。實際革蘭染色所染的是細菌的細胞壁，因為細胞壁結構的不同，部分細菌染完以后革蘭染色為陰性，而有部分細菌染完后是陽性，因此可以依靠此方法區分細菌。革蘭氏陰性菌跟革蘭氏陽性菌因為細胞壁結構不同，用藥選擇時也會有所不同。部分抗菌藥物比較適合治療革蘭氏陰性菌，比如三代頭孢菌素。其他抗菌藥物比較適合治療革蘭氏陽性細菌感染，如第一代頭孢菌素，頭孢拉定適合治療革蘭氏陽性菌感染。