后腦勺神經痛的原因如下：1、顱內病變：后腦勺部位主要是小腦、腦干以及后循環部位，建議進行頭顱核磁共振檢查，必要時進行頭顱血管磁共振檢查或者是腦CTA檢查，明確是否有小腦、腦干以及血管問題，如小腦、腦干出血、腦梗死、腦腫瘤、腦血管瘤破裂、血管畸形等，建議到神經外科會診、治療；2、延髓病變：建議進行頸椎核磁共振檢查，明確是否有延髓梗死的情況；3、頸部病變：頸椎椎病變如椎體錯位、脫位、椎體結核、腫瘤轉移，均會刺激后腦神經，建議脊柱外科會診、治療；4、睡眠障礙：臨床由于各種原因導致睡眠障礙的患者，也會表現為后腦勺神經疼痛的癥狀。