吹氣查幽門螺桿菌總體而言較為準確，但如果在吹氣前服用過抗生素，可能會抑制細菌的生長、活性，從而導致結果的假陰性，所以要求吹氣前停用抗生素4周以上再進行檢查，能得到較為準確的結果。另外，治療胃病的藥物，如質子泵抑制劑、H2受體拮抗劑、鉍劑等均可能會影響幽門螺桿菌的活性，從而導致結果的假陰性，建議停藥2周以上。除此之外，急性上消化道出血患者如果在出血急性期做呼氣試驗，由于血本身屬于堿性成分，也可能會干擾結果，導致假陰性。如果避免這些干擾因素外，吹氣查幽門螺桿菌是目前診治幽門螺桿菌的一個重要依據，一旦發現是陽性，而且數值與臨界值差值越大，越能體現體內存在幽門螺桿菌。