碘伏與莫匹羅星均具有抗菌消毒的作用，可以同時使用。但在使用時要注意順序，一般先涂抹碘伏進行局部傷口的消毒、清創，然后再涂抹莫匹羅星。碘伏對于細菌、真菌、病毒以及芽孢，均能起到殺菌的作用，主要是依靠分子碘能夠殺滅病原菌的功效。莫匹羅星是抗菌藥物，在臨床上使用更多的是軟膏劑，主要是對細菌能夠起到一定的殺滅作用，主要針對革蘭氏陽性球菌。皮膚比較容易發生的是陽性球菌的感染，因此莫匹羅星可以用于局部的小面積創傷感染。