早期肛裂主要癥狀為排便時疼痛，嬰兒不會說話，常表現為排便時哭鬧，嚴重時可能因懼怕疼痛而不敢排便，從而導致惡性循環，加重便秘，下次排便加重肛裂。排便后家長為嬰兒擦拭，可能在紙巾上發現血跡。 醫師為嬰兒肛門指診時，患兒會因懼怕疼痛而不配合，此時無需強行進行檢查，以免加重疼痛。檢查時可能發現肛裂前方有前哨痣，但前哨痣并非靜脈血栓導致的真正痔瘡，而是肛裂合并感染導致的結締組織性外痔，又稱為皮贅痔。 如果平時排便正常，而肛裂癥狀較輕，糞便不是很干硬，患兒可能無明顯的不適癥狀。腹瀉時因為糞質刺激以及頻繁擦拭肛門，可能導致局部疼痛加重，所以發現嬰兒排便時哭鬧較嚴重，或者發現肛門前方有皮贅狀突起，需及時就診。