部分體積小的尋常疣可以自愈，但數量較多、體積較大的尋常疣一般不能自愈。針尖到小米粒大的尋常疣，如長在手背上，部分患者免疫力較強，逐漸由于自身免疫作用，疣會消失。如果患者自行處理，如用手摳，也會刺激免疫力，疣體積小時可能憑借自身免疫力消滅病毒。疣的數量較多，體積較大時，通過刺激處理疣，反而使病毒泛濫、增生，其數量、自體播種會更多。所以患者自愈情況因人而異，免疫力強時可能自愈，免疫力一般或較差的患者處理后數量可能只會增多而不會減少。臨床可見四肢、頸部長大小不同的尋常疣患者，提示其自身免疫力較低，尤其是細胞免疫功能，需進行綜合治療，才會得以治愈。