金黃色葡萄球菌感染，有極少數患者可以自愈，但幾率并不多，一般見于小的癤腫或者甲溝炎，局部已經形成膿腫，自然破潰后，膿液流出，通常不需要應用抗菌藥物治療，可以自愈。如果局部膿腫明顯，不能夠自然破潰，需要進行切開引流，如果直徑＜5cm，切開引流之后可以不應用抗菌藥物治療，但前提必須是免疫功能正常的健康人群，患者可以自然痊愈。如果患者免疫功能低下，即使膿腫＜5cm，也需要應用抗菌藥物治療。如果金黃色葡萄球菌引起較深層次的感染，比如肺炎、腹膜炎、亞急性心內膜炎、急性心內膜炎、腦膜炎或者細菌入血引起敗血癥，基本上不可能自愈。需要應用抗菌藥物治療，如果不是耐甲氧西林的金黃色葡萄球菌，可以應用苯唑西林、頭孢唑啉，如果是耐藥菌，需要應用萬古霉素、達托霉素、利奈唑胺或者替考拉寧，此類藥物治療。