克羅恩病患者需要長期服藥，因為克羅恩病本身是一種自身免疫性疾病，常常遷延不愈，需要長期服藥控制。克羅恩病常用的藥物有5-氨基水楊酸制劑，這種制劑可以長期服用，能夠抑制腸道免疫，減輕炎癥發生。另外一個常用到的是糖皮質激素，如強的松、氫化可的松，這種藥物主要用于急性期治療。 在慢性期還要用到另外一個很重要的藥物，即免疫抑制劑，免疫抑制劑主要是指硫唑嘌呤或環孢素，免疫抑制劑的長期維持治療，對克羅恩病有很好的療效。另外一種很重要的藥物就是生物制劑，生物制劑主要是免疫調節劑，能夠長期應用。在這些免疫抑制劑長期應用的過程中，要注意避免感染，同時監測腫瘤的發生。