過敏性鼻炎與過敏性結膜炎為因果關系，通常在臨床上更多見的是過敏性鼻炎為因，即過敏性鼻炎先發生，引起過敏性結膜炎。臨床上有時也會有患者先表現過敏性結膜炎，之后可以發生過敏性鼻炎。過敏性結膜炎發生時，結膜的癥狀比較重，鼻炎癥狀比較輕，由于結膜發生炎癥時鼻炎已經存在，但由于癥狀不明顯，掩蓋發生的先后順序，因此在臨床上更多的是由于過敏性鼻炎引起過敏性結膜炎。鼻腔黏膜與眼睛表面的結膜組織同屬于黏膜組織，對于過敏原的刺激比較容易發生嚴重反應。眼睛表面在上下眼皮的邊緣，即瞼緣靠內側存在上下淚小點，屬于較小的小孔引流部分淚液。淚液引流最終引流到鼻腔，有時通過鼻咽部進入到口腔。當鼻黏膜發生過敏性炎癥時，充血、水腫包括過敏性刺激，有時可以通過淚道，也從淚小點到鼻腔黏膜這部位的管道稱為淚道，通過淚道逆流反流進入患者眼睛表面，即結膜囊。因此當過敏性鼻炎長時間存在，會導致過敏性結膜炎。