第二肝門主要位于腔靜脈溝上方，作為肝臟出肝血流的一個重要部位，其中是左肝、中肝、右肝三支肝靜脈匯入腔靜脈的匯合口。因此，肝臟的出肝血流，都是從第二肝門進入回流心臟。如果腔靜脈出現狹窄，或右心功能不全、右心衰竭、肝靜脈狹窄，會導致壓力升高，從而出現肝臟淤血的改變。如果出現慢性肝淤血，會導致中央靜脈出現淤血性改變，而周邊的肝細胞會出現缺血性脂肪變的可能性。所以病理上淤血肝，就會呈現一個紅白相間的網格狀改變。淤血逐步加重，會導致肝細胞壞死、殘余肝細胞增生、纖維結締組織增生，逐漸演變成淤血性肝硬化。如果有這個部位壓力增高的情況，需要及時給予處理，以避免肝臟出現嚴重的肝硬化改變。另外，第二肝門也是手術中最重要的術中標志，在手術中可以用作定位，尤其針對一些區塊狀的精準肝切除非常重要。