由于腦卒中是一個致殘性疾病，會引起肢體功能障礙，如偏癱、共濟失調、動作不協調。也有患者偏身麻木，在麻木基礎上，影響精細動作，都屬于卒中后運動功能障礙。 對于運動功能障礙，治療上以治療腦梗死為主。急性期可用治療急性腦梗的阿司匹林、氯吡格雷或者他汀類藥物，加營養腦細胞藥物緩解急性期癥狀。如果患者有急性大面積梗塞，出現水腫，可能涉及脫水劑治療。 對于經過一定時間治療癱瘓有所改善，但是還沒有完全恢復到正常者，甚至肌力經過治療之后完全恢復正常，但是運動功能還不能夠達到發病前水平者，涉及康復訓練，稱之為腦梗塞后遺癥，也屬于運動功能障礙范疇。這時可能要加入輔助設施，如平衡能力缺失，需要平衡木訓練，步態不穩涉及步行器或康復師進行平衡功能鍛煉。