卵巢囊腫長在卵巢上，子宮在正中間下腹，下面連宮頸、陰道，位于下腹正中，前面是膀胱，后面是直腸，兩側是盆壁。子宮兩側宮角連接輸卵管和韌帶，稱為卵巢固有韌帶，韌帶連接卵巢。通常卵巢的懸韌帶，即兩側韌帶連接盆壁，懸吊卵巢，位于后面。卵巢通常在子宮后面，發生的卵巢囊腫常位于子宮后方。卵巢腫物可以長大，可能變換位置，如卵巢中等大小的腫物，有時轉移到子宮前方。某些患者為后位子宮，卵巢偏于前方，這時卵巢囊腫可以長在子宮前。如果卵巢腫物過大，甚至20-30cm，可能充滿腹腔。卵巢腫物基本在盆腔真骨盆中，也有可能因盆壁粘連、巧克力囊腫等，粘連到盆壁一側。