蛛網膜囊腫多數并不會造成嚴重影響，因為腦存在一定的空間區域。但如果蛛網膜囊腫比較大的時候，不可避免地會壓迫相應的腦功能區。例如位于后顱窩的蛛網膜囊腫將會壓迫小腦和腦干，小腦是與肢體協調運動、肌張力、平衡能力等相關的重要結構。如果蛛網膜囊腫壓迫小腦，患者可能會出現共濟失調、平衡障礙，表現為指鼻試驗不穩定，或者走路歪斜、東倒西歪，有時造成肌張力障礙，肌張力會出現過強、過大，從而導致肢體功能的不協調。如果蛛網膜囊腫比較嚴重，不僅壓迫小腦，同時會壓迫到深處，造成小腦和腦干一起受壓，嚴重者會造成腦疝。 所以如果發生蛛網膜囊腫，應積極診斷，明確判斷是否需要進行外科干預。