一旦患有肛周膿腫一定會疼，疼痛是肛周膿腫的最主要癥狀。除了自身感受到的疼痛以外，肛周膿腫局部會出現顏色發紅、邊界不清楚、腫脹，表面觸診會有波動感，有時如觸摸水囊樣感覺，按壓膿腫的部位，會有強烈的疼痛。所以肛周膿腫的患者一定會疼，疼痛會限制患者本人的行動、坐臥，患者可能不敢用整個臀部坐在椅子上，可能用一半臀部坐椅子。部分肛周膿腫的患者，雖然表現為強烈疼痛，但是肛門局部并沒有發現紅腫病灶，此類患者通常膿腫部位比較深，處于盆腔深部，直腸指診即可觸診到紅腫部位，即腫脹的部位。在直腸內觸點膿腫的部位，患者也會有強烈的疼痛感。嚴重的肛周膿腫患者除疼痛外，可能伴有發燒，甚至達39℃。發熱是全身炎癥反應，此時及時切開膿腫，將膿液引流，發熱會自然緩解。