前列腺增生手術的弊端與所有手術弊端類似，都存在著一定的風險。任何手術患者需經歷麻醉過程，麻醉過程中患者需承受麻醉藥過敏風險，這也是相對于患者來講的弊端。若患者在麻醉過程中發生過敏，極容易造成患者出現生命危險。 術后若出現處理較難的嚴重并發癥時，手術弊端較為明顯，并發癥對患者的損傷有可能是終身的。前列腺手術后的患者易發生尿失禁，若尿失禁癥狀較輕，通過相關治療措施及患者功能體位訓練，前列腺術后并發癥所造成的損傷會較小。若術后造成的并發癥較為嚴重，有可能會對患者造成終身影響，易對患者的精神及身體上造成極大痛苦。