甲狀腺功能減退可以用甲狀腺激素替代治療。不管是原發性甲減還是繼發性甲減，一旦明確診斷，主要是用左旋甲狀腺激素進行替代治療，劑量主要根據甲減的程度，由醫生逐步調整劑量，患者需要終身服用。 甲狀腺本身原因引起的甲減稱為原發性甲減，如慢性甲狀腺炎、亞急性甲狀腺炎或者甲狀腺做手術、放射治療等原因引起。另外，腦垂體或者腦垂體以外的疾病，如腦垂體腫瘤以及垂體周圍占位性病變導致垂體功能破壞造成的促甲狀腺激素分泌減少，引起的甲狀腺功能不足，稱為繼發性甲減。