出血性腦卒中是危重疾病，會出現很多惡性并發癥。因為腦內出血，血涌入大腦，使大腦本來像硬核桃殼一樣的空間，有額外血液進入，導致顱內壓增高。顱內壓增高的危害是使正常腦組織被擠壓，可能通過顱底枕骨大孔被擠出，導致腦疝出現，可能危及生命，這是腦出血非常嚴重并發癥。另外，腦出血會引起高熱，因為出現中樞性高熱，可能血刺激體溫中樞，導致中樞性高熱，還有血產生炎性介質導致發熱，還有吸收熱，也是其惡性并發癥。 腦出血后異常血液涌入大腦，類似生長了血性腫瘤，除顱壓不平衡外，會刺激顱內正常電活動，導致癲癇發生，是嚴重并發癥，尤其癲癇過程中，可能導致呼吸抑制等。另外，腦出血還可能出現抗利尿激素分泌異常綜合征和腦耗鹽綜合征，即腦出血后可能出現電解質紊亂，因為顱高壓產生，要用藥物脫水和降顱壓，加重電解質排出，可能出現低鈉血癥，低鈉血癥會加重患者意識不清，在治療方面也會帶來風險。 另外，很多腦出血患者長期臥床，下肢活動不靈便，會出現外周并發癥，比如下肢深靜脈血栓形成、褥瘡等，都可能出現。所以腦出血并發癥非常影響治療和預后，會延長住院時間，是醫生非常關注問題，和疾病本身危害性同等重要。