手術感染最嚴重的后果，是引起全身性感染，形成膿毒血癥而發生感染性休克，最后導致死亡。如果手術造成嚴重的后果，一般是發生局部感染、腹膜腔感染或腔隙感染，繼而毒素便會吸收入血，造成膿毒血癥，細菌在血液中進行繁殖生長而后產生毒素，毒素作用于身體，而引起全身的炎癥反應。全身的炎癥反應到最后便造成感染性休克，如果不能及時糾正休克狀態，很快會從休克轉為死亡。絕大部分的手術，很難發展到休克的程度。但出現嚴重情況時，常是發生了并發癥，比如進行胃腸道手術，術后可能出現腸瘺或胃瘺，消化液流到腹腔內或膽囊手術，術后膽管膽汁發生泄漏，消化液流到腹腔中，經過腹腔吸收則容易造成嚴重感染。如果處理不當可能發展為感染性休克，甚至危及生命。