關于CT的應用，目前研究最深入，應用最多的就是人體神經系統。CT作為神經系統檢查的首選方法，對神經系統的疾病診斷、治療效果評價，以及預后的判斷都具有積極的作用。通常先天性發育畸形、外傷、血管性病變，其中就包括腦出血、腦梗死等，以及腫瘤、炎癥、腦變性疾病都可以進行CT檢查。 CT對于病變的定位、定性比較可靠，多數情況下參考臨床情況，對于是否腫瘤性病變，腫瘤的良性或者惡性，原發腫瘤或者轉移性腫瘤，都可以做出準確的鑒別。當然CT也有一定的限度，如果病變太小或者位于CT檢查很難發現的部位，比如顱底，可能會漏診，此種情況下可以通過磁共振或者其它的方法進行進一步的檢查。