引起腦神經痛的原因較多，需考慮疲勞、免疫力下降引起的病毒感染，導致的神經痛。此時需進行抗病毒治療，可應用加巴噴丁、普瑞巴林，可改善癥狀。同時疲勞、情緒波動，或女性生理期，出現偏頭痛發作和腦神經痛，需給予擴張血管的藥物氟桂利嗪。也可以給予抗癲癇藥物治療，從而改善偏頭痛發作癥狀。顳動脈炎也可引起頭痛，主要是病毒或細菌感染引起，需給予激素，以及抗病毒、細菌治療，從而改善癥狀。三叉神經受到壓迫時，也可引起相關癥狀，表現為三叉神經痛，需給予微創手術進行減壓，或應用藥物卡馬西平、奧卡西平，改善三叉神經痛癥狀。此外，鼻竇炎、青光眼也可造成腦神經痛，主要是神經牽拉刺激造成，需治療原發疾病，控制好眼壓和鼻竇炎感染，即可改善頭痛癥狀。