檢查卵巢囊腫的最佳時間，通常為月經剛干凈1個星期內檢查，有時卵巢會出現生理性囊腫，為避免出現判斷錯誤，建議患者月經干凈后在進行檢查。通常在月經中期以后，可能會隨著卵泡的增大而增大，但卵泡增大后破裂，該縮小時生理性囊腫又不縮小，如更年期或40多歲以后的患者，該生理性囊腫可能為炎癥造成，但到月經后又縮小、消失，則屬于生理性囊腫。如果患者的卵巢囊腫月經前也有，月經后也有，且月經前、后大小不變，則屬于真性卵巢囊腫或有病理性存在的卵巢囊腫，如畸胎瘤、巧克力囊腫等。巧克力囊腫有時可能會稍微有點變大，但會持續存在，而且越來越大。一般為減少生理性囊腫被誤診為卵巢囊腫，建議患者月經剛結束結束1個星期以內進行檢查最佳。