在泌尿系統結石的治療中，中醫藥治療也有一定的療效，目前用于結石治療的單位草藥，包括車前子、金錢草、雞內金等，中成藥包括尿石通、腎石通、排石顆粒等，但是對于泌尿系統結石的治療，中醫治療并不是主流。主流的治療方法包括自然排石、體外沖擊波碎石以及手術碎石，在自然排石的治療中，要選擇直徑＜0.6cm的結石，表面光滑下尿路無梗阻，在局部停留時間＜2周，最好是尿酸結石或者胱氨酸結石，通常超過0.6cm的結石也有排出的可能，但是概率較小。對于較大一點的結石，可以選擇體外沖擊波碎石。體外沖擊波碎石，是一種安全有效簡單的治療結石的方法。通常在門診就可以進行，創傷小，隨著結石體積增大，還可以選擇手術碎石。手術碎石目前已經微創化，通常都是內鏡下進行治療，常用的技術包括輸尿管鏡，輸尿管軟鏡和經皮腎鏡技術碎石、取石。目前開放手術已經不再是治療結石的主流方法，僅適用于需要同時處理其他疾病時，才考慮行開放手術或者腹腔鏡的切開取石。