尿道疼痛患者要明確診斷，最常見疾病為泌尿系統感染，可以通過尿常規中的白細胞水平進行判斷，如果白細胞水平升高，可以確診為泌尿系統感染，確診后可以采用敏感的抗生素進行治療。最常用抗生素為喹諾酮類抗生素和頭孢二代和頭孢三代的抗生素，喹諾酮類抗生素指的是沙星類藥物，主要包括諾氟沙星、氧氟沙星、莫西沙星等 ，常用的頭孢二代抗生素為頭孢呋辛，頭孢三代抗生素的口服藥是頭孢地尼，靜脈輸液藥物有頭孢曲松、頭孢哌酮、頭孢唑肟等。除了采用敏感的抗生素進行治療之外，還可以配合使用中藥和中成藥進行治療，常用的中成藥有泌淋清、熱淋清、銀花泌炎靈、癃清片，現代研究也證實這些中成藥所含的成分，對于泌尿系統常見的致病菌有一定的抑制和殺滅作用。除了采用中成藥治療之外，也可以使用中草藥進行治療，常用中草藥有金錢草、車前草、瞿麥、萹蓄等。