顱咽管瘤手術后的并發癥相對較多，所謂的多少，是指由單純的手術造成，還是患者本身已經存在病變。首先是顱咽管瘤患者在手術前一般都會有癥狀，有部分患者出現視力下降的癥狀，還有部分患者具有內分泌功能紊亂的癥狀，比如年輕的成年女性患者，可能在發病時就發現是月經功能不好，或者是不孕不育，此種癥狀是因為顱咽管瘤本身已經傷害到部分內分泌的激素。 通過手術把瘤體去除后，作為患者特別希望以前的癥狀能夠全部消失，變成與正常人群一樣。事實上能夠達到如此效果的可能性并不是很大，與顱咽管瘤的疾病本身的特性有關。因為顱咽管瘤生長的位置對于下丘腦、垂體或者視神經結構會造成破壞，把瘤體去除后，相應結構的破壞不能馬上恢復，甚至在一定的時間內還會加重，所以手術后果還是比較嚴重。