治療疾病時奧美拉唑可能需要應用2個月左右，通常無需再次延長服藥的時間。奧美拉唑是質子泵抑制劑，在應用時可抑制胃酸，并且應在餐前服用。根據不同的病因在應用奧美拉唑進行治療時，療程也存在差異。比如患有胃食管反流時，若食管下段未出現糜爛可按需服藥，出現燒心、反酸時即可服用，癥狀緩解時即可暫停。對于患有胃潰瘍或十二指腸潰瘍的病人，奧美拉唑通常需服用6-8周。在根治幽門螺桿菌時也會應用奧美拉唑，療程是10-14天。病人應遵醫囑服藥，避免服藥后在癥狀緩解時自行服藥。長期服用奧美拉唑會出現不良反應，可能會出現骨質疏松，甚至誘發胃癌、食管癌以及結腸癌，還可以導致萎縮性胃炎以及胃息肉的發生。