十三味菥蓂丸，對精索靜脈曲張沒有直接的治療作用。精索靜脈曲張是由于精索靜脈先天發育或解剖結構，或者長時間久坐，導致的靜脈回流障礙。中醫認為精索靜脈曲張是由局部的瘀血所導致，中醫治療精索靜脈曲張，主要是通過益氣、活血、化瘀、通絡的治療思路。而十三味菥蓂丸主要具有清熱、通淋、止痛的作用，主要治療睪丸的腫脹、疼痛，或者下焦由濕熱導致的疼痛。從十三味菥蓂丸的藥物組成和主要的功效來看，并沒有直接治療精索靜脈曲張的作用，所以十三味菥蓂丸對精索靜脈曲張的治療效果不明顯，或者僅善于治療由濕熱型精索靜脈曲張導致的睪丸局部腫脹、疼痛，對這一類的精索靜脈曲張有一定的治療作用。對大部分精索靜脈曲張的療效有限，甚至沒有用。