神經源性肌肉萎縮的治療首先需要保護神經，另外要找到神經損害的原因進行對因治療。對因治療也是非常重要的方面，如果因骨骼或腫瘤或軟組織等卡壓導致肌肉萎縮，解除卡壓是最好的治療手段；如果是因為自身免疫疾病導致的神經源性肌肉萎縮，可以應用激素、免疫球蛋白的沖擊治療，也可以應用免疫抑制劑等治療。 如果是脊髓前角病變導致的肌肉萎縮，則為漸凍癥，治療難度比較大。除了營養神經、促進神經修復以外，還需配合中醫藥治療，結合針灸、理療以及康復訓練等，以達到改善癥狀，提高生活質量，延長壽命的目的。