腹膜透析與其他治療類似，都有相應并發癥。在臨床上腹膜透析最多見、最嚴重的并發癥就是腹膜感染，是因為操作不當引起腹腔感染的情況。其它并發癥還有很多，如引流不暢，有的是腹透液能夠灌進去或者排出不夠流暢，這樣就影響腹膜透析效果。比較多見的并發癥是可以引起各種疝氣，如腹疝、切口疝，甚至有膈疝等并發癥。其它少見并發癥包括腹膜透析不充分、腹膜超濾衰竭等，這是臨床上都會遇到的，需要根據醫生的臨床檢查與判斷來進行診斷。