鹽酸羥胺一般不做藥用，是用來生產藥物的一個中間體，可以經過鹽酸羥胺合成羥基脲，羥基脲是用于治療一些腫瘤的，比如慢性粒細胞性白血病、睪丸癌等腫瘤的，是一個抗腫瘤藥。鹽酸羥胺還可以作為中間體合成磺胺類藥物，如新諾明(磺胺甲噁唑片)等抗感染藥物。作為一個用來合成藥物的中間體，鹽酸羥胺一般本身不作為藥物應用，由于合成的兩類藥物，包括磺胺類藥物以及羥基脲，在臨床上應用也都受到一定的局限，所以關于鹽酸羥胺的使用作用，也相對應用不是很廣。因為現在抗菌藥物，還有抗腫瘤藥物，都得到了極大的發展，比如抗菌藥物，除了磺胺類藥物以外，還有很多應用比較廣的，比如頭孢類、青霉素類的藥物。作為抗腫瘤藥物，除了羥基脲以外，現在的抗腫瘤藥物應用更多的一些廣譜的藥物，包括鉑類、蒽環類以及紫杉類等藥物，再加上靶向免疫治療等其它的藥物應用，都是比羥基脲要廣很多。