影響抗磷脂綜合征患者預期壽命長短的因素非常多，所以其差異也非常顯著，主要和病情嚴重程度、病程持續時間，以及患者對藥物治療的反應情況密切相關。抗磷脂綜合征患者臨床上主要表現為病態妊娠和血栓形成，而其中血栓形成的大小、部位、持續時間的長短對預期壽命有非常明顯的影響。如果血栓形成在肺血管內、腎血管內以及腦血管、心血管等這些重要臟器，會對機體預期壽命產生非常明顯的不良影響，甚至有些患者會出現猝死或近期內死亡的情況，而且有些惡性抗磷脂綜合征的患者，近期死亡率也非常高。另外在治療抗磷脂綜合征患者過程中，應用糖皮質激素和免疫抑制劑，也會對預期壽命產生一定的不良影響。此外在應用這些免疫抑制劑的過程中，可能會出現感染或者免疫功能低下等情況，也會對預期壽命產生不良影響。所以抗磷脂綜合征患者的預期壽命，肯定比正常人群縮短，但具體縮短多少并沒有肯定答案。