灰指甲的根治相對比較復雜，如果灰指甲面積非常小，建議外用抗真菌藥膏治療。但因為灰指甲的指甲生長速度非常慢，所以外用藥膏一般需要使用比較長的時間才能根治。一般在門診建議患者要一直使用藥膏，一直到有問題的指甲消失，完全被新生的健康指甲代替后才能停止用藥，上述為小部分指甲受累時采用的外用治療方案。 當指甲受累面積非常廣泛，或者受累指甲非常多時，單單用外用藥膏已經無法達到根治目的，可給予患者使用系統抗真菌治療，比如口服抗真菌藥物。但抗真菌藥物都是處方藥，患者需要去正規醫院由醫生開具。