大部分宮頸癌是由HPV病毒引起，出現HPV病毒感染后，逐漸發展成宮頸癌，但有極個別情況與HPV病毒感染無關。宮頸癌分為鱗癌和腺癌，其中比較特殊的腺癌類型，如透明細胞癌、微偏腺癌，又稱為宮頸惡性腺瘤，與HPV病毒感染無關，患者患病年齡可能會出現偏差，如部分沒有性生活的小孩或青春期的孩子會患宮頸癌，與性生活以后感染HPV病毒沒有關系。具體病因并不清楚，但這兩種癌的惡性程度較高，患者進行HPV檢測時，標本內并沒有HPV病毒。絕大部分宮頸癌為HPV病毒感染引起，雖然部分患者HPV病毒檢測陰性或含量比較低，可能是以前感染HPV病毒，目前病毒量已經下降，但已經引起細胞改變。有時檢測手段不夠敏感，也容易導致HPV病毒感染被漏診。