個別恒牙萌出過遲，多和乳牙病變、過早脫落或滯留有關，最常見是上頜乳切牙過早脫落。兒童習慣用牙齦咀嚼，局部牙齦角化增生變得堅韌肥厚，使恒牙萌出困難，可以在局部麻醉下施行開創助萌術，即切除受阻牙切緣部位增厚的牙齦組織，暴露整個切緣，牙齒會很快萌出。其次是乳尖牙和乳磨牙過早脫落，鄰牙移位使間隙縮小，造成恒尖牙和恒前磨牙萌出困難或異位萌出。多生牙、牙瘤或囊腫阻礙也可以造成恒牙萌出困難，這種情況只有通過X線檢查才能發現和確診，需手術摘除牙瘤或多生牙。遺傳因素造成牙齒萌出困難極為罕見。此外先天性甲狀腺激素分泌缺乏也可以引起發育遲緩、全身性水腫、牙齒萌出過遲和錯(牙合)畸形等，應查明原因針對全身性疾病進行治療。