治療腦血管堵塞最好的藥物，在急性期首先應該是靜脈溶栓的藥物，在發病3-4.5h之內，可以選擇瑞替普酶來進行溶栓治療。這樣可以使血栓進一步遭到崩解，來減少對血管的堵塞。除了靜脈溶栓之外，還可以選擇大血管的堵塞的情況下，可以選擇血管內的拉栓，對于血管堵塞，在發病24h之內也是比較好的治療。除此之外，對于血管堵塞，如果有動脈粥樣硬化，在動脈粥樣硬化的基礎上出現動脈粥樣硬化、斑塊的破裂，有原位血栓形成的基礎。這種情況下治療血管堵塞比較好的藥物，是抗血小板聚集的藥物，如阿司匹林和氯吡格雷，以及穩定斑塊的藥物，如他汀類的藥物來防止不穩定斑塊的破裂，治療血管堵塞在不同的時期，治療的藥物和手段也不同。