膽石癥形成原因迄今并未完全明確，可能為綜合因素，膽石是在多種因素影響下，經過一系列病理、生理過程而形成。這些因素包括膽汁成分改變、過飽和膽汁、膽固醇呈過飽和狀態，或膽固醇伴隨晶體沉淀促成核因子而形成結石，還有膽囊功能異常、氧自由基參與以及膽道細菌、寄生蟲感染等因素均可導致膽石癥的發生。 膽囊結石形成原因有代謝因素，如妊娠后期、老年人血內膽固醇含量明顯增加，易患此病；肝功能受損患者，膽酸分泌減少，也容易形成結石；先天性溶血性貧血病人，長期大量紅細胞破壞，產生膽色素增加，容易形成結石；膽石感染，包括細菌感染和寄生蟲感染都極易形成結石；膽汁淤積、膽管梗阻、膽汁pH值過低、維生素A缺乏等一系列因素都可形成結石。 膽管結石包括繼發性和原發性膽管結石，繼發性膽管結石常見于膽囊結石，包括病程長的膽囊結石、小結石、膽囊管擴張病，可通過膽囊管排泄進入膽總管，是導致膽總管內結石即繼發性結石形成的主要原因，發生率占14%。原發性膽管結石主要與膽道感染、膽管狹窄、寄生蟲感染等有相應關系。