艾滋病確實可以引起腹瀉，尤其在艾滋病期，艾滋病合并機會性感染，如腸道真菌感染、細菌感染，會引起腹瀉。艾滋病本身病毒也可引起腹瀉，艾滋病感染急性期病人會出現腹瀉，與病毒直接感染腸黏膜可能有關。所以艾滋病病人無論急性期或艾滋病期，均可能出現腹瀉癥狀，無癥狀期相對較少。艾滋病期腹瀉表現為嚴重腹瀉，合并真菌感染，如念珠菌腸道感染、消化系統感染，可以引起病人水樣腹瀉，1天10-20次。其他隱孢子蟲、微孢子蟲等病原體感染，也可引起難以治愈的腹瀉，引起病人的惡液質，均與病人免疫功能低下，導致各種病原感染有關，主要發生于艾滋病期。真菌、細菌、病毒感染，包括巨細胞腸炎、結核腸道感染如非結核分枝桿菌腸道感染等，均為艾滋病腹瀉常見原因，但不能認為長期腹瀉即為艾滋病。因為，艾滋病病人是因為免疫系統的問題，所引起各種的消化系統的機會性感染，不管是什么病原都可能導致腹瀉，所以可以出現腹瀉，尤其是在艾滋病的感染之后的第三期，艾滋病期。