體檢時身高矮了5cm可能有以下原因：
1. 鞋子高低問題：本次體檢穿的鞋可能比之前的低。
2. 體檢時未抬頭挺胸。
3. 體檢時醫院及儀器設備的不同。
4. 椎間盤受壓變薄：上午往往比下午身高要高一些，由于椎間盤有彈性，受到壓力之后會變薄，使人體身高比早晨要矮一些，因此下午量身高會比較矮。
5. 體內對關節、骨骼的營養素缺乏，導致身高變矮。
此外，還可能是體型因素、體重因素、飲食因素、遺傳因素、甲狀腺功能減退癥等原因導致。如果對身高變化有疑慮，建議咨詢醫生獲得更專業的診斷和治療建議。
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