太田痣需由專業醫生進行診斷，醫生通常會根據患者的臨床表現以及皮膚鏡檢查、組織病理學檢查等來確診太田痣。臨床表現包括太田痣常在出生后到1歲以內發病，部分患者可在青春期發病或加重病情，好發于三叉神經眼支及上頜支的分布區域，如眶周、顳部、鼻部、前額和顴部等，表現為藍灰色、灰褐色、青灰色、黑色或紫色的斑片。部分患者還可能累及眼睛鞏膜，使眼球出現藍染等表現。
在皮膚鏡檢查下，若發現患處表皮、真皮交界處無色素顆粒增加，而真皮淺層、中層有散在條索狀或團塊狀色素顆粒沉積，則提示可能患有太田痣。
對于經皮膚鏡檢查難以確診者，醫生會取一小塊皮膚進行組織病理學檢查。若在真皮膠原處發現大量梭形黑素細胞聚集，并且含有大量色素顆粒，則可確診為太田痣。
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