扁平疣是比較好治療的，大多數都可以治愈，只有少部分病情可能會復發。
如果扁平疣數目不多，可以采取局部的物理治療，比如冷凍、激光、電燒灼等方式，將其去除，但是要注意去除干凈，否則有殘余的皮損，通過搔抓等還是可以重新增多復發的。如果扁平疣數目較多，可以外用藥物治療，比如干擾素凝膠、咪喹莫特乳膏，還有維酸制劑，比如阿達帕林、維A酸乳膏等，對扁平疣也是有一定治療作用的。
對于比較頑固的扁平疣，一方面可以配合一些免疫調節劑進行治療，比如干擾素、左旋咪唑、胸腺肽等，提高機體免疫力輔助治療。另一方面可以采取疣體自身埋植術，通過刺激機體的免疫力治療扁平疣，對部分頑固的患者也有不錯的效果。
治療效果往往因人而異，但通常不需要太過于急于求成，因為多數患者可能在幾年之內，由于自身免疫力的成熟，可以將扁平疣自行排斥掉而自行痊愈。
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