在剛懷孕三周時，小腹一陣一陣疼痛可能是以下原因造成的：
1. 受精卵著床：懷孕三周孕婦受精卵已經著床，并且不斷分泌雌孕激素，可能會刺激子宮引起疼痛癥狀，屬于正常現象。
2. 子宮增大：受精卵逐漸發育后，子宮也會隨之增大，可能會牽拉周圍韌帶，出現陣發性疼痛癥狀，也屬于正常的表現。
3. 飲食不當：進食食物過多或進食食物不潔時，會對胃腸道造成一定的刺激，容易出現腹痛癥狀，有時會伴隨腹瀉。
4. 陰道炎：孕婦在懷孕期間并未注意陰道衛生，容易使陰道受到感染引起炎癥，刺激局部神經反射性引起腹痛，還會伴隨外陰瘙癢或異味等癥狀。
5. 宮頸炎：孕婦陰道炎并未得到控制，致病菌也會感染宮頸出現炎癥，多表現為腹痛、陰道分泌物增多、腰酸等癥狀。
6. 先兆流產：因孕婦腹部受到撞擊或自身內分泌異常等，容易引起先兆流產，表現為腹痛，有時會伴隨陰道少量流血。
請注意以上只是一些可能的原因。如果疼痛不緩解或者伴有其他癥狀（如陰道出血、發熱、異常分泌物等），建議及時就醫以排除任何可能的嚴重問題。
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