陰莖上長的小疙瘩可能是多種原因導致的，包括生殖器皰疹、包皮龜頭炎、梅毒等。不同原因導致的小疙瘩需要使用不同的藥物治療。
1. 生殖器皰疹：通常是由于性生活不潔或接觸到感染者的分泌物等原因引起，癥狀表現為生殖器或肛門處出現單個或多個小水皰，并伴有疼痛、瘙癢等。患者可以遵醫囑使用阿昔洛韋片、鹽酸伐昔洛韋片等藥物進行治療。
2. 包皮龜頭炎：通常是由于包皮過長、免疫功能低下等原因引起，癥狀表現為包皮龜頭處紅腫、潰瘍、瘙癢等。患者可以遵醫囑使用倍他米松乳膏、紅霉素軟膏等藥物進行治療。
3. 梅毒：通常是由于性接觸或母嬰傳播等原因引起，癥狀表現為陰莖、龜頭等部位出現紅斑、潰瘍等。患者可以遵醫囑使用芐星青霉素、普魯卡因青霉素等藥物進行治療。
總之，陰莖上長小疙瘩的原因可能有很多，不同的原因需要使用不同的藥物治療。患者應在醫生的指導下進行治療，并保持良好的個人衛生習慣，避免間接接觸和感染。
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