根管治療后牙齒隱隱作痛，可能由于以下原因導致：

1. 擴大根管在根管擴大成型、消毒、充填等治療過程中，由于機械刺激或化學藥物的刺激，對牙齒根尖周圍，造成了一定程度的損傷引起隱隱作痛，一般這種疼痛會慢慢消失。
2. 殘留牙髓如果治療不徹底，出現殘留牙髓、遺漏根管的情況，出現牙髓炎，可以隱隱作痛。
3. 咬合損傷導致的根管治療后隱隱作痛，一般可以先通過調頜來治療。
4. 可能是由于牙齒解剖變異、小的根管未找到，里面有殘留神經所導致。患者需借助于牙CT檢查，或者根管顯微鏡，將充填材料拿掉后再仔細查找，找到后將牙神經拔干凈，重新消炎，重新充填。
5. 在治療過程當中，可能會刺激牙根尖組織，導致根尖有炎癥反應，以及有滲出。患者未做根管充填，可以將封填的消炎藥先去掉，開髓開放幾天，等滲出減少后，再重新封藥消炎，重新根管充填。如果已經充上但出現疼痛，可以服用幾天消炎藥進行觀察。

如果疼痛控制不住，可能需將充填物拿掉，重新開放幾天，重新消炎，重新充填。建議及時到口腔科就診，再針對性的治療。